Pendidikan dan pengajaran di Pesantren Putri Al-Mawaddah adalah pendidikan yang bernapaskan pesantren dan memberikan kesempatan kepada santriyahnya untuk mengikuti ujian Negara (MTsN/MAN). Jenjang pendidikan yang diterapkan adalah enam tahun untuk lulusan SD/MI dan 4 tahun untuk lulusan SLTP/MTs. Mereka yang tamat belajar di Al-Mawaddah selama 6 tahun akan mendapatkan 3 ijazah sekaligus, yaitu ijazah pesantren, ijazah MTsN, dan ijazah MAN. Sedang mereka yang tamat belajar selama 4 tahun yakni dari SLTP akan mendapat 2 ijazah yakni ijazah pesantren dan ijazah MAN.
