Sistem pendidikan di Pesantren Putri Al-Mawaddah bernama Ma’hadul Banat Al-Islamy yang disingkat MBI, dengan masa
pembelajaran yang ditempuh dengan ketentuan sebagai berikut:
- Kelas biasa (untuk lulusan SD/sederajat): enam tahun.
- Kelas PINTAS (program intesifikasi tahun ajaran santri) untuk lulusan SMP/sederajat: empat tahun.
Jenjang pendidikan di Pesantren Putri Al-Mawaddah setara dengan MTs/sederajat dan MA/sederajat. Al-Mawaddah juga memiliki program Sekolah Menengah Kejuruan atau SMK dengan pilihan jurusan tata busana dan kesehatan.
Adapun kurikulum yang digunakan adalah kurikulum perpaduan antara KMI Pondok Modern Darussalam Gontor dan kurikulum Kementerian Agama ataupun Kementerian Pendidikan. Cakupan bidang pelajaran yang ada di Pesantren Putri Al-Mawaddah meliputi bidang bahasa, agama, umum, keterampilan, dan pendidikan.
